Patentó en 1989 la ADN polimerasa Φ29 (phi29), y entre los años que duró esa patente, 2003-2009, se convirtió en la más rentable del CSIC. En la actualidad se utiliza en muchos laboratorios como una herramienta para amplificar ADN de forma rápida y sencilla, puesto que la fue crucial para producir copias genéticas de forma precisa con una gota de sangre. Pionero en la replicación de ADN, el descubrimiento fue toda una revolución en la ciencia, aplicándose tanto a la genética molecular como a la medicina forense, entre otros, sentando las bases de lo que hoy consideramos la disciplina de la biotecnología. A Margarita Salas se le ha reconocido también su labor docente, ya que entre 1968 y 1992 fue profesora de Genética Molecular de la Facultad de Químicas de la Universidad Complutense de Madrid (UCM). Según sus propias palabras, la enseñanza significó para ella una fuente de grandes satisfacciones.